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目前，丙型肝炎的治疗都是通过吉三代（丙通沙）等直接抗病毒药物（DAAs）来进行，由于这些DAAs都是2013年以后陆续上市的新药，许多患者甚至医生不知道应该如何使用，治疗前和治疗期间应特别注意下面这些问题。
1）检测HCV-RNA、肝功能、丙肝病毒基因分型。不同基因型的丙肝病毒感染选择的治疗方案不同，不过吉三代适合所有基因型的丙肝患者，如果是吃吉三代，就不用做基因分型，如果是其它DAA药物就需要基因分型了；治疗前检测HCV-RNA和肝功能可作为治疗前的基线检查，用来判断治疗后的疗效。
2） 检测肾功能、CK、血细胞等。如果贫血，不能选择利巴韦林；如果肾功能异常，使用索菲布韦应注意，因为它从肾脏排泄。这些检查也可以作为治疗前的“基线”指标，治疗后可以根据这些指标的变化及时发现不良反应。
3）进行肝纤维化、B超等检查。如果有肝硬化，药物的疗效可能降低，一些治疗方案的疗程需要延长。
4）筛查乙肝和艾滋病。在乙肝病毒或艾滋病病毒共感染的患者应结合其他病毒感染的情况选择适当的治疗方案。
5）告诉医生自己身体健康的其他问题，如有无心脏病、高脂血症、糖尿病、肾病等。向医生介绍常规或经常服用的药物，包括中草药、保健品、避孕药、减肥茶等，以免与吉三代产生药物相互作用，影响疗效。