要想实现这一点，需要医疗卫生部门以及相关社会组织共同努力，有针对性推进相关知识的科普，避免抑郁症被边缘化乃至污名化。
当前，临床治疗抑郁症主要以药物干预为主，心理治疗和电抽搐治疗为辅。但并未取得理想效果，迫切需要研究新方法来对抗抑郁症。
近年来，大量研究文献证明肠道菌群的紊乱参与了精神疾病的发生发展，“微生物-肠-脑”轴的研究逐渐兴起，肠道菌群失衡是通过其代谢物影响肠神经系统，进而影响中枢神经系统，出现情绪、认知障碍等症状。研究发现抑郁症患者的肠道菌群与健康人有显著差异。与健康肠道菌群相比，抑郁症患者肠道菌群的多样性和丰富性较少。因此，调节肠道菌群对治疗抑郁症具有重要的应用价值。
目前，全球都在关注“肠道微生物-肠-脑”轴的密切关系，通过权威杂志的论文和各项研究，探寻防、治抑郁症的新方向。
2020年，Arthi Chinna Meyyappan等人在《BMC Psychiatry》杂志发表了一项研究：将健康人肠道菌群移植入患病者体内，抑郁症相关症状得到缓解；将患病个体的肠道菌群移植入正常小鼠体内，导致小鼠出现抑郁症状。这表明肠道菌群是抑郁症发病的重要因素。
FMT可以影响短链脂肪酸（SCFAs），特别是丁酸和丙酸会增加5-羟色胺的产生；同时SCFAs能有效升高炎症细胞因子比如白介素10（IL-10）合成，降低炎症。FMT后，5-羟色胺合成增加，炎症细胞因子合成减少，从而有效改善抑郁症。FMT后六个月内能持续改善抑郁症患者焦虑、低落等症状，比药物治疗和心理治疗更简单有效。
2020年，Guillaume B. Fond等人在《Nutrients》杂志发表了一项研究，该研究分析了2020年3月22日以前的关于抑郁症和肠道菌群关系的文章。
主要得出以下结论：通过量表比较了抑郁患者FMT前后数值的变化，发现FMT能有效改善抑郁患者的状态。研究发现艰难梭菌的升高是抑郁症发病的危险因素，比较了抑郁症患者与健康人之间的差异，发现艰难梭菌的含量上升36%。而FMT能有效降低艰难梭菌的含量，抑制抑郁症发生。且通过文献分析，尚未发现FMT造成严重不良事件，因此与传统治疗方法比，FMT具有一定安全性。