1、比较基因组学鉴定藏猪和家猪的自然和人工选择的 主要内容藏猪主产于青藏高原，包括四川阿坝及甘孜藏猪、云南迪庆藏猪、甘肃合作 藏猪以及分布于西藏自治区山南、林芝、昌都等地的藏猪类群。藏猪是世界上少 有的高原型猪种，是我国宝贵的地方品种资源。藏猪长期生活于无污染、纯天然 的高寒山区，具有适应高海拔恶劣气候环境、抗病、耐粗等特点。藏猪能适应恶 劣的高寒气候，在海拔2,5003,500m的青藏高原半山区，年平均气温712笆、 冬季最低-15笆、无霜期11019 0天、食物资源缺乏的严酷条件下，藏猪仍能很 好地生存下来。这种极强的适应能力和抗逆性，是其他猪种所不具备的独特种质 特性。2004年，藏猪正式列
2、入中国畜牧品种志，被正式确定为地方原始猪种。该研究利用高通量测序技术及生物信息分析策略，从基因组水平充分揭示了 藏猪特有高原环境适应性的分子机理，同时解析了四川盆地家猪在几千年的人工 驯化过程中基因组中重要经济性状相关基因的进化方向。该研究主要包括以下两 部分内容和发现：第一部分：藏猪和欧洲家猪的比较基因组学分析自然选择和人工选择是动物进化和家猪品种形成的重要驱动力之一。该研 究首先通过组装我国特有高原型猪种一一藏猪的基因组，与欧洲家猪杜洛克猪 的参考基因组进行比较基因组学研究。揭示了猪基因组中大量功能基因在高原 极端环境和强烈人工选择下出现的差异。嗅觉、能量代谢、低氧适应、紫外线 抵抗、血液
3、循环系统的平滑肌发育、子宫内的血液运输和药物转运等基因在藏 猪和家猪间呈现出截然不同的进化趋势。通过基因组大小的比较分析发现藏猪基因组比家猪基因组小了 0.09Gb （9千万）碱基序列，且两者基因组仅有93.41%的部分共线，其差异堪比牦牛和 家牛（共线性程度94%）差异程度。此外，藏猪和家猪间186 Mb （1亿8千万） 碱基的序列方向相反，其差异可比人与黑猩猩（基因组间反向序列为154 Mb （1 亿5千万）。进一步分析发现藏猪和家猪的祖先可能早在690万年前就已经开 始各自向不同方向进化，甚至可能早于牦牛和家牛（490万年前），人类和黑 猩猩（500700万年前）。通过基因家族的序列相似
4、性分析发现，与家猪相比，藏猪进化出了3千 多个特有的基因，这些基因主要涉及心肺血液循环系统的发育，疾病的抵抗， 高紫外线下的皮肤保护，特别是发现了17个与大肠杆菌感染抵抗相关的基因， 这是家猪所没有的。通过基因家族的收缩和扩张分析发现，藏猪与家猪相比，拥有更多的 铁合蛋白基因，数量和种类都远远超过了人、牛、小鼠和狗，这充分揭示了藏 猪适应高海拔的分子机制。家猪作为哺乳动物中嗅觉最为发达的物种之一，其嗅觉基因数目（1,240 个）略低于小鼠（1,320个），明显多于牛（1,092个）、狗（889个）和人（511 个），但藏猪嗅觉基因仅有752个。这与在高海拔环境下动物的嗅觉能力失效（低温和低压不
5、利于气体分子扩散聚集、低湿不利于气体分子和水分子结合）， 相关基因退化有关。这一发现也同时印证了为什么人在乘飞机时嗅觉往往变得 迟钝甚至失灵，难以察觉机舱中火灾的发生。通过基因的进化模式分析，发现在食物摄取和能量利用方面，家猪为 适应在集约化养殖方式下高能量、低运动的“不健康的生活方式”，控制采食 量的基因快速进化，以减低无限制的食物摄入。与之相反，野生藏猪由于长期 处于食物缺乏的高原自然环境，其能量代谢（特别是糖尿病易感基因）进化速 度减缓甚至没有进化。这一发现不仅印证了为什么家猪和肉牛再胖也不得糖尿 病，而野猪、捕老鼠的家猫和猎狗一旦肥胖极易罹患高血糖、高血脂和高血压。 同样的现象也出现在
6、人类身上，在欧美等发达国家，通过近300年来（殖民地 时期至今，约20-25代人）长期处于“易感糖尿病的高营养、低劳动”的环境 下，通过不断进化逐渐从人群中淘汰和剔除了糖尿病易感基因，II型糖尿病患 者基本都是很极端的胖子。但在中国及其他亚洲国家，由于生活水平近20年 来才逐渐明显提高，通过进化剔除糖尿病易感基因的进化过程正在发生中，于 是II型糖尿病患者的肥胖率没有那么高。由于藏猪大量与脉管平滑肌发育相关的基因呈现出加速进化的趋势， 导致藏猪较家猪而言呈现出更为强大的心、血管系统，其心肺重量占体重的比例（心、：0.48%，肺：1.36%）远高于普通家猪（心、：0.35%，肺：0.83%），是
7、 研究人类高原缺氧性肺动脉高压和充血性心力衰竭理想模型。更为有趣的是，研究同时发现18个与胎盘发育和39个子宫血液循环 的基因，在藏猪中得以快速进化，充分证明藏猪在条件恶劣的高海拔环境下成 功繁殖后代的特殊本领。藏猪与平原家猪相比，牺牲了产仔数（藏猪：4-8只 每胎，家猪：8-10只每胎），通过优化子宫内的血液循环，有效增加氧的利用 效率，最终生出了更重更强壮的小猪（小猪与母猪的体重比例，藏猪：2.83%， 家猪：0.57%）。同样的现象也发生在高海拔居住的藏族人和南美的安第斯山 脉居民，由于所处地理条件恶劣，他们都能生出更重更强健的小孩。此外，藏 猪由于居住在青藏高原（平均海拔3000-50
8、00米，紫外线指数12-20），与欧 洲家猪杜洛克猪（主产地之一的美国纽约，平均海拔10米，紫外线指数2） 相比，长期暴露于高强度的紫外线辐射。藏猪不仅在外表上进化出了坚硬的皮 肤和长而浓密的鬃毛以抵御辐射，同时加速进化出了上百个抵抗紫外线损伤细 胞DNA复制的基因，为深入研究紫外线加速皮肤老化和抗“光衰老”提供了具 有重要价值的线索。研究还鉴定出了藏猪有188个基因在近百万年的进化过程中发生了退 化，变成了假基因。由于生活在远离人类文明的高原，这些假基因主要与药物 等人工化学物质的代谢和转运相关。而与之相反，家猪由于长期与人类共同生 活，严重暴露在高剂量的人工化学物质环境中，通过食物（农药残
9、留）、药物、 空气和水摄入了大量的生物异生物质，与人类一起进化出了能够快速转运和代 谢人工化学物质的基因，降低体内化学物质残留的危害。第二部分：藏猪和四川盆地家猪的群体基因组学分析为进一步研究我国藏猪种群的遗传结构、漫长历史进化过程中的群体大小 变化，以及四川盆地家猪经受长期人工选择在基因组中留下的选择性清除痕 迹。本研究对来自我国6个代表性的藏猪群体，对四川盆地的4个特有地方猪种， 以及四川盆地野猪进行了群体基因组重测序。结合欧洲野猪、欧洲家猪、中国 东南家猪、亚洲野猪、东南亚岛屿的野生猪属动物和非洲疣猪的基因组数据， 进行了群体水平的比较基因组学分析。群体遗传学分析结果表明欧亚猪种存在明显
10、的遗传背景差异，欧亚的地 理隔离造成的遗传结构差异甚至超过了野生和驯化的差异。通过基因组碱基变异 的历史推断分析，鉴定出在距今2万年前的末次冰盛期（末次冰期中气候最为寒 冷、冰川规模达到最大的时期），欧洲和中国东南地区的野猪群体大小急剧下降。而中国西南的四川盆地由于地质活动频繁，四面环山，相对“胶囊”状的地理隔绝， 成了冰期时代野猪和藏猪的“诺亚方舟”，其群体大小不降反升。这是首次从哺乳 动物基因组水平证明中国西南，特别是素有天府之国、熊猫故乡的四川盆地作为 冰期生物的避难所，是世界范围内生物多样性最为丰富区域之一的有力证据。通过对6个藏猪群体（西藏日喀则、西藏林芝、四川阿坝、四川甘孜、甘 肃
11、甘南和云南迪庆）和4个四川盆地特有家猪品种（盆周山地猪、乌金猪、雅南 猪和内江猪）基因组水平的基因选择性清除分析，鉴定出了大量藏猪高海拔适应 性的快速进化基因268个，家猪肌肉生长、脂肪沉积、免疫基因等受到人工强烈 选择的基因516个。结果同时表明家猪自人类农业产生以来经历了约9000年的人 工选择，而藏猪却遭受了百万年漫长的高原环境自然选择，从基因组水平上看， 作用时间较短的人工选择反而能够有效地改变和塑造家养动物基因组。充分体现 了人类根据自身需要驯养、塑造和改良物种的强大能力。通过基因的进化速度分析，发现家猪唾液分泌基因受到了强烈的人工选 择，快速进化。一方面解释了人工饲养条件下家猪为消
12、化淀粉含量较高的饲料， 唾液分泌量增加的分子基础，体现了家猪交配繁殖行为极大地依赖于唾液中“性 外激素”的适应性进化。同时也反映了人工集约化养殖条件下动物福利的恶化和“行为规癖”（如无食咀嚼，猪的一种固板行为，表现为在口腔无食情况下连续 地咀嚼。多发生在刺激贫瘠的畜舍环境）现象的频繁发生。这与现代人类社会中 由于压力过大、精神抑郁导致的“流涎症”类似。该研究从藏猪和家猪的比较基因组学分析出发，其研究思路和研究模式充分 表明，在目前以及未来的510年中，基于高通量基因组测序技术，能够快速地 进行遗传资源筛选，寻找到大量的遗传差异，实现遗传进化分析及重要经济性状 候选基因的预测。基因组重测序将成为